该企业薪酬结构存在的问题有：
(1)基本工资与激励薪酬的设计不合理。办公室普通职员的基本工资所占比重太低，短期激励薪酬和长期激励薪酬的比重则过大，尤其是后者；高层直线管理人员的基本工资所占比重太高，短期激励薪酬和长期激励薪酬的比重均过低。
(2)以岗位评价结果来确定其基本工资，具有相当大的主观性。管理职位更强调非数量因素，管理人员尤其是高级管理人员的绩效更明显地与组织的成果紧密联系。短期激励薪酬和长期激励薪酬双低的消极后果是高层管理人员既不关心企业的近期经营状况，也不关心长期的可持续发展。
(3)办公室普通职员的工作绩效难以通过客观的指标来衡量。办公室普通职员激励薪酬太高的消极后果是其过分关注与绩效指标直接相关的工作任务而忽视其他同样重要的日常工作，且容易使其产生工作不安全感。
(4)容易导致外部不公平。从目前的实际情况看，管理人员尤其是高级管理人员的报酬通常更倾向于强调绩效奖金，并且后者的长期激励薪酬的比重要明显高于前者，违反这种现实容易产生外部不公平。