财政机关对甲有限责任公司2010年财务工作进行检查，但甲公司领导以“财务部门负责人出差”为由予以拒绝，后经多方协调，财政机关对该公司进行了检查，检查时发现如下问题：
（1）2月15日，公司从外地购买了一批货物，收到发票后，经办人员王某发现发票金额与实际支付金额不相符，便将发票退回给出具单位，要求对方重开。
（2）3月20日，公司从事收入、支出、费用账目登记工作的吴某休产假，公司决定由出纳员李某临时顶替一下其工作，并按规定办理了交接手续。
（3）甲公司将出售废料的收入不纳入企业统一的会计核算，而另设账簿进行核算，以解决行政管理部门的福利。
另外，该公司的会计人员于某大学毕业后被分配到单位财务部门从事出纳工作，随着时间的推移，于某慢慢对出纳工作产生了厌烦情绪，上班无精打采，工作中差错不断，业务考核在部门里位列倒数第一。单位要求会计人员提出“加强成本核算，提高经济效益”的合理化建议，他认为那是领导们的事情，与己无关。
根据上述资料，回答下列问题：